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찬이는 붉은 벽돌로 된 벽 앞에서 어릴 적 블록 쌓기를 떠올리며, 오 선생님과 함께 벽돌을 통해 신기한 마방진 수수께끼를 풀었다. 마지막 벽돌을 맞춘 순간, 벽이 갈라져 지하 이분의 일층이라는 벙커가 모습을 드러내며 찬이는 놀라움과 궁금증을 갖게 된다.

삼촌의 수수께끼 책에 빠져있던 찬이는 가족에게 불행이 닥치자 삼촌에게 맡겨진다. 찬이는 삼촌과 함께 지하 이분의 일층으로 가는데, 이곳은 특별한 시험을 통과해야 입주할 수 있는 곳이다. 오 선생은 찬이에게 수수께끼를 내면서 이야기는 이어진다.

강원도 정선군 예미산 지하 1100m에 위치한 IBS 지하실험연구단은 암흑물질 탐색을 위한 입자 검출기 공사 중이다. 세계 최고 민감도의 검출기 설치를 목표로 하며, 양양 지하실험실의 연구와는 별개로 암흑물질 및 중성미자의 미스터리 해결을 위해 노력 중이다.