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정부 고위층의 정부출연연구소에 대한 발언이 나옴에 따라 투자 효율성에 대한 논란이 있지만, 출연연구소의 역할은 중요하다. 과학기술에 대한 지속적 투자와 출연연구소의 자율성 보장이 필요하며, 과거의 통폐합 문제를 되풀이하지 말아야 한다는 주장이 제기됨.

정부출연 연구소의 노조 설립으로 인하여 불거진 문제점들이 대두되고 있습니다. 연구원들은 비민주적 분위기, 저임금, 차별대우 등을 문제 삼으며, 설문조사 결과에 따르면 대다수 연구원들이 연구소에 대해 비판적인 인식을 가지고 있습니다. 연구원들은 연구소의 문제가 해결되어야

전자통신연구소가 체신부로의 이관을 요구하면서 정부출연연구소의 부처 간 영역분쟁이 재점화되었습니다. 과학기술 발전과 기술수요 변화에 따른 정부출연연구소의 기능과 위상 재정립이 시급하며, 정부의 연구개발 정책과 과학기술 발전 계획의 효율성을 높일 필요가 있습니다.