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2006년 이후 주유소에서 판매하는 디젤연료에는 바이오디젤이 5% 섞여 있으며, 이는 식물성 오일을 알코올에 반응시켜 만든 친환경 연료다. 한국에너지기술연구원 이진석 센터장이 바이오디젤 국내 정착에 중요한 역할을 했다.

폐식용유로 만든 바이오디젤은 화석연료를 대체하며 환경오염 물질을 적게 배출한다. 최근 연구는 일부 바이오연료가 이산화탄소 배출을 실제로 늘릴 수 있다고 한다. 그러나 폐식용유는 식물성 기름보다 비용을 줄이며 식량 원료 문제를 해결하여 자동차 연료로 재생 가능하다고 본다

미세조류를 이용한 바이오연료 개발이 화석연료 대체재로 주목받고 있으며, 한국생명공학연구원은 250종의 조류를 확보해 연구 중이다. 아직은 생산비용이 높아 상용화에 이르지 못했으나, 10년 내 상용화될 것으로 예상된다. 해양연구원은 녹조류와 규조류를 실험 중이며, 상업용